El presente artículo discute el cambio de estrategia de los misioneros franciscanos respecto a la evangelización y civilización de los pueblos indígenas de la región amazónica peruana a fines del siglo XIX e inicios del XX. El texto presenta el contexto histórico de la Selva Central peruana como zona de frontera, de colonización y de ejercicio de la violencia generada por colonos y empresarios caucheros que implicaba también el tráfico infantil. Asimismo, se detalla la situación de las misiones franciscanas en esta época, la creación de los internados y la incorporación, por primera vez, de misioneras mujeres a la tarea educativa y evangelizadora en esta región. Finalmente, se explica cómo el énfasis puesto en los internados y en la educación infantil no impidió la colaboración de las misiones en otras tareas relacionadas con el proceso de colonización promovida por el Estado peruano en la región amazónica.