La desigualdad en el acceso a la salud es un gran reto que afecta desproporcionadamente a los grupos sociales más vulnerables. En Pueblo Rico (Colombia), esta desigualdad afecta principalmente a la población indígena. Este estudio busca comprender los determinantes sociales que afectan la salud de esta población, en cuanto a limitantes territoriales, sociales, económicos y culturales; y dilucidar cuáles de estos factores pueden ser intervenidos para contribuir a una mayor equidad en la salud. Los resultados muestran que la salud de la población embera es afectada por la segregación socioespacial del territorio, la alta vulnerabilidad debido a la exclusión, pobreza y violencia histórica; y a conflictos culturales de la salud relacionados con la falta de reconocimiento y estructuras de poder desiguales. Estas condiciones hacen que sea una comunidad compleja de intervenir, que requiere intervenciones en salud diferenciales y culturalmente adaptadas que favorezcan la inclusión de los grupos más vulnerables y que fomenten el desarrollo de capacidades de la población.